> Я за один репозиторий, который можно использовать на любом дистре, примерно по такой схеме

Кто будет сопровождать этот репозиторий для всех на свете? Сборная солянка из непойми кого? Спасибо, торрент-трекеры уже есть.
А у дистрибутивов разная политики относительно сборки, именования и свежести пакетов (и пакеты, под сборку и тестирование которых заточены их инфраструктуры), наложения патчей, безопасности и ещё кучи всего. Поэтому даже в рамках одного дистра могут быть разные ветки и репы.
Найди дистрибутив и репозиторий, которые удовлетворяют твои нужды. Можно ли использовать этот репозиторий за пределами твоего любимого дистра — тебя совершенно не касается.

> - program v1.5 с зависимостью lib1 1.1 и lib2 1.0.5
> - program v2.2 с зависимостью lib1 2.56 и lib2 1.0.6

Gentoo, NixOS, контейнеры, ну и обсуждаемые в новости пакеты — snap, flatpack, appimage.
Тебе никто не запрещает, всё это есть. Но ты почему-то неудовлетворён наличием возможностей, и рвёшься решать за других, как им надо жить.

> При этом с изоляцией как в Снапе, магазином и прочими его фишками.

Ну вот есть у тебя снап, если тебе нужны бинари со статикой. Возможно, они даже собраны разработчиками, которым не лень следить за сборкой миллиона зависимостей зависимостей. Или лень.
И опять же, ты хочешь Microsoft Store с бинарями.

> Окей, а какие варианты?

Разработчик разрабатывает ПО и предоставляет исходники. Сборкой пакетов и поддержкой консистентности репозиториев занимаются мейнтейнеры дистрибутива, разрешением зависимостей занимается ПМ, используются разделяемые библиотеки. Уже давно работает.