>> внутри него хранились в принципиально нечитаемом виде
> Ну и кто мешает применить AES шифрование для своих ключей?

здравый смысл? Задача не в шифровании ("кто мешает" шифровать на диске без всяких ненужнотокенов), а в том, чтобы ключи _никогда_ не расшифровывались - кроме применений, когда они не покидают внутреннюю память дивайса. В случае gpg все шифрование придется выполнять внутри, на входе плейнтекст и парольная фраза, на выходе - уже шифрованный или подписанный или то и другое пакет.
Не знаю, не знаю, насколько тормозно это будет на stm и поместится ли в память вообще, особенно, если понадобятся block ciphers (обычно не нужен, но мало ли).

В случае ssh попроще, там протокол устроен так, что все можно сделать почти правильно.

Но, "почему-то", никто пока не сделал хотя бы и для ssh-only. Удивительно, но факт.