> Я скажу за себя: я не разбираюсь с autoconf+automake только потому что нет основательной и
> внятной документации

стесняюсь спросить - вы читать-то ту что есть - пробовали?
Ну вот просто info automake ?

Не сказать, что она прямо замечательная, и ее точно не хочется читать главами после работы, да и не нужно - нужно брать и _делать_, подглядывя в методичку, какие именно слова и в каком порядке говорить. Бреда mono-style у вас при этом не выйдет, даже если будете стараться.
В какой-то момент придется плюнуть и посмотреть в исходники - они тоже не сказать чтоб нечитаемы, во всяком случае, когда лезешь туда за пониманием механизмов, а не ради что-то исправить.

А книжка отложенная на почитать когда-нибудь потом...ну будет почитаема когда-нибудь потом. А проект мы наляпаем на том, что попало под руку и скопировали готовый скрипт откуда-то еще.

Проблема в другом - на самом деле пользы от этого набора скриптов не так много, как требуется времени, чтобы в нем как следует разобраться. Потому что код за вас он писать не будет, а примитивный генератор config.h на ровно две поддерживаемых конфигурации можно без особых сложностей написать самому (сэкономив планете кучу ресурсов на миллиардах ненужных проверок).

А про make вам книжку написали Керниган и Пайк в 89м году, чтобы понять что там наворотили в gnu версии - опять же достаточно бегло глянуть info (хорошо бы остановиться потом и подумать, только ли на линуксе твой шадевр будут собирать - а то может и не стоит).