Не знаю, как сейчас, а когда я имел дело с этим <censored>, myisam при записи лочил всю таблицу, тогда как innodb - только одну строку. А нарвался я на это дело, когда словил дикие тормоза после заливки в базу бэкапа - когда бэкап был с "create table", то вопреки настройкам таблицы почему-то создавались в myisam. Пришлось из бэкапа команды создания таблиц убрать, создать их вручную (только тогда она создала их в innodb), и заливать данные в базу с готовыми пустыми таблицами.
И это не единственный "подводный камень", на который я напоролся. Вобщем, воспоминания о мускуле у меня только матерные.