> htmlspecialchars, filter_var

это слишком низкоуровневые конструкции, и к тому же они by design неверны (если использовать filter не для валидации, с этим-то все в порядке, кроме названия).
То есть малейшая неаккуратность, и получаем дыру типа описанной.

трансляцию надо выполнять не на обработке input (потому что совершенно неизвестно, что мы с тем input делать собираемся - мы его может вообще сейчас as-is бросим обратно в рожу пользователю в тот textarea, из которого получили, потому что он капчу неверно набрал - и зачем, спрашивается, было куда-то транслировать?)
ее надо выполнять в том месте, где ты с этим input что-то собрался делать.

Если в базу собрался положить - тебе нужен sql translator, если в html - html'ный, в js - js'овый. Ну, надеюсь, eval() мы не собираемся? Хотя php-транслятором лучше сразу озаботиться ;-)

Известно это становится только непосредственно на этапе выполнения, уже после всех валидаций и промежуточных обработок (попутно уже нельзя в этом месте вернуть ошибку и ничего не сделать). Именно там и надо фильтровать.