>>Notification Area и Indicator plugin
> Я так понимаю, «Notification Аrea» и «Системный лоток» суть одно и
> то же. И оно как раз может отрисовывать с артефактами.
> «Indicator plugin» вообще приблуда для Unity, т. е. за пределами Ubuntu не
> существует.
> Ещё есть «statusnotifier» — он вообще нерабочий, может отобразить 2 пиктограммы
> из 9, при этом ещё и не все софтину могут в
> этот чудо-трей убраться.

В итоге. Проблема специфична для некоторых Qt программ. Не для всех, так как на keepassx у меня не воспроизводится. Значит баг возможно не в Xfce, а в какой-то Qt либе. Если от тем оформления не зависит, значит смотреть возможно надо не в панель, а в Xfwm.
В Xubuntu используют свои плагины как воркэраунд в том числе.
Печально, что никто из жалующихся не запилил вмеяемый багрепорт с хауту воспроизвести и дебаг выводом панели и wm.