> На Gears я смотрел как раз лишь мельком

gear -- это вообще вариант git-репозитория особого вида с метаданными для построения из него исходного пакета (или его эквивалента в .tar).

> но у меня сложилось впечатление, что он вроде как сроит граф сборочных
> зависимостей, и именно его обходом формирует последовательность сборки.
> Я ошибаюсь?

Вот к этому и gear, и girar вообще никак не относятся; хотя обвязка для набивки заданий в нужном порядке и впрямь существует: http://altlinux.org/girar/girar-nmu#girar-nmu-sort-transaction

> Интересно, как вы определяете, что должно войти в каждую транзакцию.
> Если не по графу, значит, по-видимому, руками.

Или руками, или скриптовой обвязкой вне сборочницы (те же perl*/python* руками обновить малореально -- см. тж. http://0x1.tv/20161001E при интересе к вопросу).

PS: bircoph@ вон по смежному поводу ругается и грозится когда-нибудь перенести revdep-rebuild из portage. :)