Для сравнения другой пример.

$ flatpak list --app |wc -l
124

$ flatpak list --runtime |wc -l
48

$ btrfs filesystem du -s /var/lib/flatpak
   Total   Exclusive  Set shared  Filename
22.34GiB    22.03GiB   257.19MiB  /var/lib/flatpak

За редкими исключениями, это почти все графическое прикладное ПО в системе, в том числе игры (Mindustry, Wesnoth и что-то ещё). Плюс, аудио- и видеокодеки, Wine и Proton-GE Runtime, SDK для языков программирования (LLVM, MinGW, Vala, Java, Dotnet, Rust, Golang).

Что в сравнении с твоим примером:
Количество программ ~ x40
Потребление места на диске ~ x4

Выводы делай сам. Меня устраивает.

--

Меня в Flathub'е куда больше беспокоит слабый контроль за тем кто, когда и как пакетирует. Нередко ПО обновляется с запозданиями, в сравнении с роллинг-дистрибутивами, а иногда даже на полгода-год. Часто пакеты пакетируют с устаревшими зависимостями или долго не обновляют рантайм, даже когда нет проблем с API/ABI, зато есть известные уязвимости в старом. Некоторые официальные поставщики ПО не вызывают доверия. Исполняемые файлы хранятся в ФС с привилегиями пользователя. Доступ программам в песочнице выдается довольно широко. Вкупе, озвученные проблемы создают дополнительные риски безопасности системы.