> flag = flag | (input1[i] != input2[i]);

Эм... != в принципе может быть рассмотрен как условный оператор, кто б его там знает что тот или иной компилер VS проц сделает, и насколько оно константное по времени на всех платформах. Я бы не стал закладываться на то что условный счет гарантировано постоянный по времени. Выглядит как потенциальный conditional.

Вон то - pure math, попытка откосплеить сравнение в стиле как это DJB любит в крипто примерно. Там нет никаких условных вещей в core loop. Только вычисления. Это на более-менее всех процах которые я знаю таки constant time штука. Времянки простых регистровых операций как правило одинаковые для любых данных, а доступ к памяти линейный и не зависит от входных данных, успеха или неуспеха. Core всегда делает одно и то же, а решение с conditional сегментом принимается уже потом - когда по частям угадывать уже не судьба.