Что касается криптографии, то намного проще засертифицировать код на си, нежели на каком-либо другом языке (кроме ассемблера и машинного кода, разумеется).

Тем не менее, все, что вы перечислили -- это чисто логические ошибки программирования, которые решать должен именно программист, а не компилятор. Логику программы ни один компилятор не в состоянии понять, поэтому двойной вызов free(), не предотвратить. Разве что в модулях, где все malloc можно закрыть free. Однако есть масса причин, вынуждающих раскидывать выделение и освобождение по разным модулям. Есть задачи, где в процессе вычислений нельзя использовать обращения к системе. Поэтому приходится всю необходимую память распределить заранее и освобождать ее совершенно в другом месте после завершения всех вычислений. Это обычная математика в системах моделирования. Слава богу, что нынче можно это все на Си программировать, а не фортране:-)
Есть еще один класс задач, где до недавнего времени в структурах в качестве последнего члена использовался T array[1]; Ради таких задач стандарт ввел синтаксис "T array[];" Это используется во всех IFF-контейнерах
struct tag_s {
    uint16_t type; // тип тега
    uint16_t size; // размер его данных
    T array[];     // данные тега
}
Просто другого способа обрабатывать такого рода данные не существует.