Говорю исключительно с позиции юриков.
В Приморье с этим очень плохо, ни один банк, с которым мы работаем нормально не работает под линуксом. И вообще находится в анальном рабстве Гейтса.

Минусы
Сбербанк - редкое убожество, даже под виндой. очень паранаидальное, при изменении аппаратной конфигурации не работает, периодически файл журнала платежек повреждается, с виртуальными дискетами с ключами не работает, через Радмин виснет. Про линукс даже не заикаюсь, радуюсь что хотя бы под виндой работает. Из УСБ торчит мутотень с логотипом сбера. Сбербанк вообще чокнутые параноики.  

ВТБ - Виндовое приложение, работает с базой в формате mdb. Просто убожество, юзабилити нулевой. Под вайном работать отказался.

ДВ Банк -джава-апп iBank, юзабилити низкий, под линуксом еще не пробовал, но нахер он нужен когда на этом же компе клиенты Сбера, ДВ Банка, ВТБ, Росбанка которые вообще Линукс за ОС не считают. К тому же единственный из зоопарка банк-клиентов который переодически выеживается при печати. Рукозадый механизм регистрации ключей.

Росбанк - интернет клиент только из IE с использованием активиксов, юзабилити просто отрицательный, пока не столкнулся с ним, считал что клиент ВТБ самый уродский. Я ошибался. Плюс недокументированные глюки при попытке зарегистрировать ключи на несколько лиц под одной учеткой.

Плюсы

Сбербанк - самый удобный и единственный кто разграничивает права у пользователей системы.

ВТБ - Переустанавливать одно удовольствие - быстро и без гемора.

ДВ Банк - если заработает под линуксом будет плюс, а так нет.

Росбанк - Так как работает через ie, его вообще переустанавливать не надо, просто подсунуть папку с ключами. Очень удобно.