Ну не проблема, а скорее особенность.

По крайней мере это именно из-за ls (ну и других прог, потому что не только ls так себя ведёт, а многое гнутое из того, что я проверил).

Проблема ли это или не проблема, сложно сказать.

По крайней мере, он бы мог тупо забивать
и пользователю оставалось бы только догадываться,
закрыт дескриптор или нет.

Вот как здесь:

#include<stdio.h>

main()
{
    printf("opennet rulez\n");
    fprintf(stderr, "opennet rulez (stderr)\n");
}

$ gcc -o /tmp/h h.c
$ /tmp/h
opennet rulez
opennet rulez (stderr)
$ /tmp/h >&-
opennet rulez (stderr)
$

Но он заботится о пользователе
и ставит его в курс дела.