* ...снаружи...
думаю, да :) раз он все-таки использует конструкцию
  os.environ.get('HOME', '')
Для командной строки можно пользоваться Alias()-ом.

* Зависимости
(глава №6 мануала пользователя, явные/неявные и т.д.). А как по-вашему оно работает? Для C/C++/Fortran - автоматически. Кроме того, можно добавить свои правила и т.д.

* Проекты для нескольких DE
это что, developer environment?

* ctesk, cpack
Я не пользователь CMake, поэтому не знаю что это

Что касается "в общем". SCons - это Python, а не что-то свое. Соответственно в нем вы можете сделать все. Ну т.е. абсолютно все. Даже изменить поведение этой системы. А про сочувствие, вызванное интересом к A-A-P, мне кажется, вы не правы. Это хорошая система. Логическое развитие make, внутри опять же доступен весь Python, что делает ее максимально мощной. Написал новое правило проще простого. Посмотрите сами, может быть приглянется.

Проект CMake, насколько я знаю, спонсировался (не то грантом, не то как часть какого-то проекта, не помню) и он довольно старый уже, тогда как A-A-P пишет небезызвестным Б. Муленаар, который, в свою очередь, постоянно просит помочь проекту, его развитию. Тут есть, так сказать, историческая разница :) Это и объясняет кол-во проектов, собираемых ими, о статистике чего вы судите по портам FreeBSD.

Кстати, а вы видели какие проекты успешно ими собираются? И их возможности?

Цитирую Scons:
...
Reliable, automatic dependency analysis built-in for C, C++ and Fortran--no more "make depend" or "make clean" to get all of the dependencies. Dependency analysis is easily extensible through user-defined dependency Scanners for other languages or file types.
Built-in support for C, C++, D, Java, Fortran, Yacc, Lex, Qt and SWIG, and building TeX and LaTeX documents.

Built-in support for fetching source files from SCCS, RCS, CVS, BitKeeper and Perforce

Built-in support for Microsoft Visual Studio .NET and past Visual Studio versions, including generation of .dsp, .dsw, .sln and .vcproj files.

Integrated Autoconf-like support for finding #include files, libraries, functions and typedefs.

Designed from the ground up for cross-platform builds, and known to work on Linux, other POSIX systems (including AIX, *BSD systems, HP/UX, IRIX and Solaris), Windows NT, Mac OS X, and OS/2.

ну и т.д. Используют:
    * Aqsis
    * Ardour
    * Battlefield 1942
    * Blender
    * Delta3D
    * id Software
    * Nullsoft Scriptable Install System
    * SuperCollider
    * VMware
    * Csound5
    * Google Chrome[2]

Хотя лично мне A-A-P кажется в настоящий момент все-таки более простым.