> Лучше б новость про трансмишн написал (правда 2.12 ещё не вышел)

Ну так нет версии - нет новости :P. Если кому интересно мониторить развитие проекта в деталях - есть всякие там системы контроля версий, багтрекеры и прочая ;).

> если трансмишну указываешь качать на нтфс-раздел,

У меня используется только EXT4 и XFS.

> а места на /home меньше, чем размер торрента, то он безбожно глючит, виснет.

Не совсем понял:
1) А что, у вас /home зачем-то на NTFS?
2) Вообще, можно взять дебагер + что-то типа strace и посмотреть - что происходит и в каком месте виснет, собственно. Это не так уж трудно как может показаться.
3) А что, вы качаете торенты в /home? Или юзаете его под Incomplete диру? Или при чем тут размер торента?
4) Если вы качали в /home то чего неправильного в ссылке в /home? Я чего-то не понял?

ИМХО возможны минимум 2 сценария. Во первых, баги в ФС (наприер, с определением свободного места и/или кривое поведение при его недостаче). Если ФС дурит - приложение имеет право себя вести некорректно, но тогда дуреть будет скорее всего не только трансмиссия. Тогда это не баг трансмиссии. Во вторых, может быть трансмиссия не проверяет успешность записи и потом испытывает какие-то проблемы. Тогда это баг трансмиссии. Для большинства критичных файлов, как то конфигурация, статистика, resume-файлы и прочая - в современных версиях сделана безопасная запись: сперва файло пишется в tempовый файл и только потом при успехе этого - сносится старый и на его место переименовывается новый. При этом даже в ж*%ной ситуации файлы не гробятся - или уж записывается новый файл, или уж остается старый.  Поэтому разрушение настроек и прочая происходить не должно даже в случае окончания места на томе где живет дира с настройками.

На вашем месте я бы попробовал более детально изучить ситуацию и при уверенности что это баг в трансмиссии - накатать им в багтрекер. Только вот если вы не опишете ситуацию в деталях - они резонно прибьют баг как invalid или worksforme. Лично я из вашего описания проблемы могу только гадать что и где там не правильно работает.