>PBS-скрипт - это обычный

shell скрипт в котором в виде специальным образом оформленных комментариев
начинающихся с #PBS

Не совсем верно.
Если вы добавите какое-либо действие перед описательной частью PBS не сможет определить заданные параметры (может в новой версии что-то поменялось, но ранее было так).
Т.е.
#/bin/sh
#PBS.....
#PBS.....
cd /home/user
прокатит, а:
#/bin/sh
cd /home/user
#PBS.....
#PBS.....
не прокатит. Вся описательная часть будет проигнорирована.