>[оверквотинг удален]
>  theora? ( >=media-libs/libtheora-1.1.1[encode] media-libs/libogg )
>  в libtheora:
>   encode? ( media-libs/libvorbis )
>
> а вот так зависимости по выбору:
>

 
>  x86? ( || ( >=dev-lang/yasm-0.6.0 >=dev-lang/nasm-0.98.39-r3 ) )" 
> 

>>Нету такого.
> а в portage есть.

А в портах FreeBSD нету.

> а как вы лечите ситуации, когда большинство софта в системе слинковано с
> libfoo_0.16.so, а в системе уже libfoo_0.17.so

В моём уютненьком мире не бывает такого. Это мантейнеров головная боль — связать всё правильно и незамысловато для конечного пользователя. А пользователю нужно только перекомпилировать зависимости, если не работает.

Например, при установке gnome-mplayer по зависимостям устанавливается mplayer-1.1. Но я могу поставить mplayer2-2.0, а первый удалить, и всё будет работать прекрасно. (Хм, сейчас, правда, у меня в системе почему-то два mplayer'а :)) )

% pkg_info -Ex mplay
gnome-mplayer-1.0.0_3
mplayer-1.1.r20120721_1
mplayer2-2.0.20121103

% portmaster -e mplayer-1.1.r20120721_1
===>>> Warning: Ports with dependencies on mplayer-1.1.r20120721_1:
    gnome-mplayer-1.0.0_3

    ===>>> Delete this dependency data? y/n [n] y

===>>> Delete old and new distfiles for multimedia/mplayer
       without prompting? y/n [n]

===>>> Delete the current distfiles? y/n [n]

===>>> Running pkg_delete -f mplayer-1.1.r20120721_1
pkg_delete: package 'mplayer-1.1.r20120721_1' is required by these other packages
and may not be deinstalled (but I'll delete it anyway):
gnome-mplayer-1.0.0_3

===>>> Running portmaster -s

% pkg_info -Ex mplayer
gnome-mplayer-1.0.0_3
mplayer2-2.0.20121103

После запуска gnome-mplayer не воспроизводит фильмы. Пытаюсь пересобрать пакет mplayer2-2.0. portmaster предлагает изменить опции сборки mplayer2, ещё хочет установить порт lang/python33. Расставляю опции. Соглашаюсь на (пере)установку:

% portmaster -gD --delete-build-only mplayer2-2.0.20121103
...
===>>> mplayer2-2.0.20121103 >> (4)

===>>> The following actions will be taken if you choose to proceed:
    Re-install mplayer2-2.0.20121103
    Install devel/gmake
    Install textproc/py-docutils
    Install x11/glproto
    Install lang/python33

===>>> Proceed? y/n [y]
...
===>>> Done displaying pkg-message files

===>>> The following actions were performed:
    Installation of devel/gmake (gmake-3.82_1)
    Installation of lang/python33 (python33-3.3.0_2)
    Installation of textproc/py-docutils (py27-docutils-0.10)
    Installation of x11/glproto (glproto-1.4.15)
    Re-installation of mplayer2-2.0.20121103

===>>> Deleting installed build-only dependencies
%

Всё собралось и работает. Заметь: gnome-player не пересобирался, пересобрался только движок.

> (причины, по которым так случилось врядли имеет смысл обсуждать, т.к. в идеальном мире и fsck не нужен).

В идеальном мире терабайты данных верифицируются scrub'ом, а не складываются в отдельную кучку с помощью fsck ("Разбирайтесь сами что откуда." :)) ).