> Посему логично озаботиться заранее(пока не нужно), не?

Зависит.

>>Надо понимать, что она работает поверх базовой системы.
>>То есть такие вещи, как syslog service или MTA находятся уровнем ниже.
> А если я хочу собрать систему без шлимыла и в качестве мта
> использовать что другое?

Для NetBSD/FreeBSD
/etc/rc.conf:
   postfix=NO
   exim=YES

Что касается базовой системы, то для NetBSD
/etc/mk.conf:
   MKPOSTFIX=no

У FreeBSD /etc/make.conf и переменная другая.

>>Этого не может не быть. Это делается в mk.conf
>>директивами bmake-а, если есть желание.
> Значит, я невнимательно читал ман. Мне казалось, что это можно только глобально,
> а не для отдельно взятого порта.

Можно сделать так:
/etc/mk.conf:

...
.ifdef BSD_PKG_MK       # begin pkgsrc settings
CFLAGS.parallel/paexec  = -O0 -g
LDFLAGS.parallel/paexec = -g
CFLAGS_DEF  = -Os
LDFLAGS_DEF = -g
_pkgpath=${.CURDIR:H:T}/${.CURDIR:T}
CFLAGS  += ${CFLAGS.${_pkgpath}:U${CFLAGS_DEF}}
LDFLAGS += ${LDFLAGS.${_pkgpath}:U${LDFLAGS_DEF}}
.endif

Тут другой ман надо читать.

>>Непонятно.
> Пишу в /etc/portage/package.mask >dev-libs/libxml2-2.8.0.
> Все, версия заморожена и обновляться не будет.

На уровне бинарных пакетов -- nih mark -k libxml
и он обновляться не будет.
В базовом pkg_install (pkg_add -u/U) этого нет.

> Так же можно задать целый диапазон, если я поставил
> libreoffice-3.6.4.3, я могу замаскировать его до версии 3.6.9999, если не хочу
> минорных обновлений. При этом, когда появится доступная версия
> 3.7.хххх, порт обновится.

Это решается другими средствами ментейнером пакетов.
samba33 -- отдельно, samba35 -- отдельно, например.
Аналогичная ситуация с емаксами, питонами, пыпыхами, апачами и прочими.