>> У FreeBSD /etc/make.conf и переменная другая.
> вот и получается, что кто в лес, кто по дрова =(

Ну при чем тут дрова? FreeBSD-шный rc
слизан с NetBSD-шного примерно в 2000-м, потому они до сих пор
во многом похожи. Базовые системы и общая организация системы,
включая make(1), очень сильно и очень давно разошлись.

> а как мейнтейнеру защиться от безумных CFLAGS/CXXFLAGS(типа -O3
> -funroll-all-loops -funsafe-math)?
> есть штатная возможность стрипать некоторые флаги?

Стрипать не нужно. Достаточно CFLAGS += -DЯ_СКАЗАЛ_ВОТ_ТАК!!!
Но вообще, это проблема высосанная из пальца, я считаю.
И именно с этой целью так никто не делает AFAIK.

>> Это решается другими средствами ментейнером пакетов.
>> samba33 -- отдельно, samba35 -- отдельно, например.
>> Аналогичная ситуация с емаксами, питонами, пыпыхами, апачами и прочими.
> а если нам надо зафиксироваться на отдельном минорном релизе?

Я уже сказал, что масок именно в таком виде нет, но проблема частично
решается тем, что разные питоны, шмитоны и самбы разных версий -- это
отдельные пакеты. Не может произойти апдейта с emacs20 до emacs24,
если пользователь явно не захочет обратного.
Сделать маски на уровне nih/pkgin в принципе несложно, но на уровне
pkg_install их нет и вряд ли эта инициалива пройдет.
Но "зафиксироваться на отдельном минорном релизе" -- это editors/emacs20
vs. editors/emacs24.