Оно не выпилено, а перенесено в разряд опциональных, читайте подробное описание http://wiki.lxde.org/en/PCManFM#Run_as_root как добавить эту функцию. А хомячкам оно и впрямь ни к чему, они сначала запускают, а потом багрепорты пишут, достало объяснять им, что это из-за ихнего рутового запуска у них перестало работать, и как это поправить теперь. А не-хомячки пусть добавляют и радуются (если это вообще нужно, ага, мне никогда не было нужно, например), всё работает как и раньше, только не из основного меню, а из контекстного. В принципе, в версии 1.3 планируется возможность добавлять и в основное меню.