В статье "Resource Locking Over Networks" рассматривается вопрос блокировки ресурсов при совместном доступе к ресурсу по сети, когда использование семафоров и flock блокировок невозможно. В качестве решения предлагается создавать lock-файлы на удаленной машине по ftp, используя модуль Net::FTP.