Есть сайт...

nnn.com так под

всё_что_угодно.nnn.com открывается этот сайт.
Как это отключить?

Плюс есть сайты mmm.com
так под всё_что_угодно.mmm.com открывается тот же nnn.com.

Как я понимаю ситуация такая потому что nnn.com идёт первым в Includes апача.

Так всё же как эти домены 3ого уровня отключть?

• как отключить домены 3ого уровня,freezer, 01:30 , 29-Окт-09
• как отключить домены 3ого уровня,Etch, 06:25 , 29-Окт-09
• как отключить домены 3ого уровня,angra, 08:33 , 29-Окт-09
  • как отключить домены 3ого уровня,freezer, 16:59 , 29-Окт-09
    • как отключить домены 3ого уровня,ACCA, 17:41 , 30-Окт-09
      • как отключить домены 3ого уровня,freezer, 18:34 , 30-Окт-09
        • как отключить домены 3ого уровня,ACCA, 00:46 , 31-Окт-09
          • как отключить домены 3ого уровня,freezer, 04:13 , 31-Окт-09
            • как отключить домены 3ого уровня,Etch, 04:52 , 31-Окт-09
              • как отключить домены 3ого уровня,freezer, 05:06 , 02-Ноя-09
                • как отключить домены 3ого уровня,freezer, 05:10 , 02-Ноя-09
                  • как отключить домены 3ого уровня,angra, 08:01 , 02-Ноя-09

так же сайт nnn.com открывается по IPшнику сервера.

Уберите в ДНС этих доменов запись со звёздочкой (кажется) чтобы всё_что_угодно.nnn.com вообще не резолвилось. Либо сделайте страничку-заглушку и поставьте её в начале конфига - тогда загружаться будет она а не nnn.com

Прочитать про named virtualhosts в апаче и грамотно все настроить. С нулевыми знаниями займет меньше часа.
Альтернативно можете сформулировать полностью задачу, а потом подождать от пары часов до бесконечности, пока кто-то решит на форуме написать все за вас.

Отключил бы сам, но не знаю как.

Вот первый файл в Includes апача 000.site.conf

NameVirtualHost IP:80

<VirtualHost IP:80>
ServerName site.ru
ServerAlias www.site.ru
DocumentRoot /home/hosts/site.ru/public_html
</VirtualHost>

<Directory "/home/hosts/*">
    Options -Indexes FollowSymLinks SymLinksifOwnerMatch
    AllowOverride All
    Order allow,deny
    Allow from all
</Directory>

потом дёт просто site2.conf

<VirtualHost IP:80>
ServerName site2.ru
ServerAlias www.site2.ru
DocumentRoot /home/hosts/site2.ru/public_html

</VirtualHost>

Нужно изменить чтобы
всё_что_угодно.site.ru было не равно site.ru
всё_что_угодно.site2.ru не было равно site.ru

>Отключил бы сам, но не знаю как.

[...]
>Нужно изменить чтобы
>всё_что_угодно.site.ru было не равно site.ru
>всё_что_угодно.site2.ru не было равно site.ru

В DNS зонах для site.ru и site2.ru удали записи *.site.ru и *.site2.ru. Правда такой вопрос - а нафига это нужно?

Да тут поисковик один сайт неправильно проиндксировал. Дубль получился, и писимизация по выдаче из-за дубля.

Есть только запись такого рода в конце каждого /etc/named/master/*.db

* IN CNAME @

Больше звёздочек нет. Её удалить?

>* IN CNAME @
>Больше звёздочек нет. Её удалить?

Да, это оно и есть.
Не забудь увеличить номер версии в SOA.

Номер версии в SOA? Не подскажешь плз на примере?

$TTL        14400
$ORIGIN        site.ru.
@            14400   IN SOA ns.site.ru. hostmaster.site.ru. (
               2007071602      ; serial, todays date+todays
                28800           ; refresh, seconds
                7200            ; retry, seconds
                3600000         ; expire, seconds
                86400 )         ; minimum, seconds

        IN NS ns.site.ru.
        IN NS ns.secondary.net.ua.
        IN A  IP
        IN MX 0 mail.site.ru.
        IN TXT "v=spf1 ip4:IP/32 a a:site.ru mx:mail.site.ru ?all"
ns                IN A  IP
mail              IN A  IP
*        IN CNAME @

>Номер версии в SOA? Не подскажешь плз на примере?
>
>2007071602      ; serial, todays date+todays

^ это число увеличить. Лучше придерживаться такого же принципа - дата изменения + версия изменения в этой дате (т.е. для сегодня должно быть 2009103101).

>*  IN CNAME @

сначала это убрать.

убираю эту строчку и перестоёт работать сайт с www
хотя в конфиге апача serveralias с www есть

нужно чтобы www осталось работать, а всё остальное не работало

Добавьте
www IN A ваш_ip