>> Ну, в моем любимом бинарном дистре будет make install clean
> Ага, повторить 20 раз, получить LFC, только с засранным /usr/lib.

LFS.
И /usr/lib останется нетронутым - для этого есть префиксы.
> make uninstall-то завезли уже, или до сих пор make install в лог сохраняют?

нет, но завезли make deinstall.

> Разработчики дистров дураки какие-то, все какие-то пакетные менеджеры пилят, один анонн постиг тайны мироздания.

Интересные фантазии (или фобии?). Я ни словом не обмолвился о том, что пакетники "нинужна".
Просто, если мне нужен отдельный пакет, то его соберет make package, но всей разницы между make install и pkg install - наличие отдельного пакет в локальной репе и отсутствие мета-инфы о репе в БД установленного софта.

> Просветил бы болезных, что дурью маются.

С этим пока отлично справляются некоторые гентушники.

>> А если git diff "неправильный", то ... ?
> А на бинарном дистре это, конечно же, решается магическим yum fix my.patch
> или что? Или столько же телодвижений надо сделать, если не больше?

Да нет, это решается распаковкой и накладыванием штатных патчей:
make extract patch
потом походом в /WRKDIRPREFIX/usr/ports/xxx/yyy/work/soft/
и разруливанием конфликта ручками.
В итоге делаем
make makepatch
и у нас есть собственная версия патча для сборки, делай make install clean - не хочу.  
Из 40 локально собранных пакетов, с кастомными патчами примерно половина, остальные 1400 - "нетруЪшные бинари из реп".