Что-то там нет ничего про возможность запуска своего сервера и открытости ПО сервера.

Но есть "Directory service could be modified to enable a MITM attack?". Оно конечно понятно, что с некоторой вероятностью можно и deb-пакет модифицировать на официальном репозитарии, чтобы при обновлении всем "прилетело", но это сложнее, чем если просто поставить "галочку" в своём закрытом сервере.

"Can you manually add contacts without needing to trust a directory server?" - если у тебя есть возможность поставить свой сервер, то это не проблема. ибо федерация - это хорошо и является очень большим плюсом.

Вообще сравнение федеративных систем с централизованными в режиме "представим, что мы не используем выгоды федерации, а пользуемся каким-нибудь внешним сервером" - так себе "сравнение", перечёркивающее "киллер-фичи" матрицы (или XMPP).