> файлы той-же базы PostgreSQL приходится держать где-то вне контейнера

Вольюм примонтирован. Работает. Не должен?
> мигрировать с сервера на сервер

Вот хз, мигрировал ли мой контейнер с одного физического сервера на другой - я его залил на хостинг, поднял и оставил работать.
> выкатывать новый для HA

Какой нахрен HA? Ты не знаешь мой юзкейс, а берёшься судить. Zotonic не умеет работать с пулом серверов БД, он коннектится одному серверу при старте и дальше работает с ним. Если поднять отдельный контейнер с haproxy, который будет раскидывать трафик на несколько инстансов Zotonic'а, каждому из них нужен свой Pg, а это означает мультимастер репликацию, которая сейчас в Pg делается только костылями разной степени уродливости. Для настоящей HA нужно серьёзно допилить Zotonic, чтобы он писал только в мастер, а для чтения выбирал слейва из пула, при этом имел бы возможность на ходу переключаться на нового мастера. Можно, конечно, иметь один Pg на несколько Zotonic'ов, но это нихрена никакой не HA, к тому же производительность всей системы упрётся в производительность Pg.
> новые ключи для доступа по SSH

Неактуально.