> Как таковые они для системы всего лишь очередные юзеры.

Нет, они на особом положении, в отличие от остальных.

> С довольно-таки рихтуемым ACL'ами набором правов, что самое то угарное.

Точно так же как в ОС на базе Linux, как и ряде других ОС, можно вдоволь поиздеваться над рутом, через capabilities и аналогичные механизмы. И отстрелить себе что-нибудь ниже пояса, да.

То что в винде есть UAC и иже с ним — отдельный разговор, это костыли для исправления многолетней порочной практики раздавания прав админа всем подряд по умолчанию.

А насчёт поведения FAR — претензии не по адресу. Тот же Total Commander позволяет ограничиться одним запросом за сеанс работы, например. Подсказать, как это работает?

> Ну вот я в свое время таки застартил свой процесс как SYSTEM

А вот SYSTEM — это уже немного больше, чем UID=0 в *nix. Если у вас задача именно рулить правами пользователей и групп в винде, то это обычно правильный выбор. Вот только ситуации, когда не хватает встроенных средств и приходится впихивать на данном уровне свои, встречаются как бы не слишком часто, чтобы служить серьёзным примером.