А какую методику анализа вы использовали? Просто личные убеждения что apt точно знает о всех файлах в системе? Но это не так, много файлов создается не пакетным менеджером или не напрямую им, не во всех пакетов полностью корректные сценарии удаления (у апта нету магии - он делает ровно то что написанно в сценариях пакета и логике заложенной в самой утилите и тут неважно remove или purge).
Для объективного анализа нужно взять снепшот настроенной вами системы которая пережила несколько таких апдейтов и чистой системы настроенной аналогичным образом тоже вами которая поработала пару месяцев и сделать диф по файлам.Так вы увидите что apt не всемогуч.
Справедливости  ради такая проблема не связанна именно с apt и системами с фиксированными релизами, просто когда система обновляется небольшими порциями, то этот процесс значительно проще контролировать.
Если вернуться изначально к ветке обсуждения, то там говорилось больше о (не)стабильности роллинг апдейтов, на что я возразил "На практике данный дистрибутив стабильнее многих не роллинг", после чего был агрумент мол дебиан обновляется стабильно, но это не противоречит тому что я говорил выше, далее упомянули мусор которых создается или не создается, в чем есть и моя вина и дискуссия теряет конструктив.  
Я говорю это к тому что в цепочке несколько поочередно выдранных из контекста фраз сильно увели в сторону суть дискуссии и есть смысл вернуть дискуссию в конструктивное русло или не раздувать дальше.
Если хотите сравнить дебиан для десктопа и дистрибутив с темы, то преимущество manjaro в:
1) пакеты более свежие и их больше, даже если учитывать пакеты в ветке testing (хотя врятли кто-то будет юзать ее для всех пакетов)
2) нету необходимости искать/подключать репы что б ставить пакеты, которые будут корректно потом обновляться стандартным механизмом обновления - все есть из коробки
3) возможность без проблем подключить любую версию ядра, которое точно тестировалось на стабильность с другими компонентами.