Помню, как сильно меня это бесило, но в принципе насчёт нотепада это просто, у них даже статья на вики. Вот мой вариант 10 летней давности:

#!/bin/sh
rm ~/.local/share/mime/application/x-wine-extension-*
rm ~/.local/share/applications/wine-*

вариант около 18 года (текущий):

#!/bin/sh
[[ -n "${WINEPREFIX}" ]] || export WINEPREFIX=~/.wine-64
winetricks mimeassoc=off
rm ~/.local/share/mime/packages/x-wine*
rm ~/.local/share/mime/application/x-wine-extension*
rm ~/.local/share/applications/wine-extension*
rm ~/.local/share/icons/hicolor/*/*/application-x-wine-extension*
rm ~/.local/share/desktop-directories/wine*
rm ~/.local/share/icons/hicolor/*/*/*winebrowser*
rm -vf ~/.local/share/applications/mimeinfo.cache
update-desktop-database ~/.local/share/applications/
update-mime-database ~/.local/share/mime/

Чё там, ещё можно заглушку на место winemenubuilder.exe положить, чтоб наверняка. Раньше делал.