Плохое оформление, это в том числе cp1251 вместо utf8 в тегах. Или gb18030 (попробуй её ещё отличи от других, программно угадать далеко не всегда получится). Либо какой-то совершенно нерелевантный бред вместо информации, или странно оформленные теги. Когда файлов очень много, объёмы таковы, что исправлять это можно месяцами (для чего, почему?) и совершенно не стоит того. А вот на диске обычно понятно что где, и совершенно не важно что там в тегах. Поэтому это удобней, как по мне. Правда, если в файле с треками прописан wav вместо flac, тут уже совершенно не важно, что там за кодировка. Тут фубар как-то больше прощает кривоту в файлах. К сожалению он не опенсорс (а это значит какие-то изменения можно сделать только плагинами, благо он модульный и система плагинов там достаточно мощная, но проблемы с написанием плагинов всё равно будут) и не имеет версии под линукс (печалька). Из того, что есть, audacious наверное самый приличный (хоть и оскорбляет моё чувство прекрасного).

Медиатека это когда все найденные файлы добавляются в базу приложения, по типу тугца или амарока (и его форков) и все изменения производятся в ней, а не в файлах на диске. И поиск тоже по ней. Кроме того, есть множество одинаковых файлов в разном исполнении, год не всегда поможет отличить и сам по себе даёт минимум информации. Теги очень редко бывают проставлены полноценно (да и скажем каталожные номера бывают нескольких видов, в зависимости от того, в какой стране диск издан, и тут просто нет стандартного тега у многих форматов).