> Не замещает, если рассматривать «*» и «×» как математические символы, но с точки зрения контекста инженера-программиста - замещает.

Почему должен рассматриваться только конкретный контекст?

> Математических символов очень много и для них нужен целый слой на клавиатуре (просто нет смысла добавлять только некоторые) или нужны специальные редакторы, которые преобразуют из синтаксиса на основе базовых спецсимволов в математические символы.

Иногда (подчёркиваю — иногда) достаточно самых популярных символов. Мне для презентаций хватает.

> Вот можно взять набор формул в LibreOffice, там ведь примерно так и устроено.

Ну мне не нужно именно в либре. Мне нужно чтобы это работало в любой программе. И самописная раскладка — это самый подходящий инструмент.

> Лигатуры тоже нужны. Вот например ударе́ние (не совсем лигатура, но как пример), ну не делать слой под гласные с ударе́нием. Я, например, также пользуюсь лигатурами и в JetBrains. Согласен, что местами спорно, но тут похоже нет идеального решения.

Для ударения есть спецсимвол. Это не совсем укладывается в определение лигатуры.