Прописать свои ключи - нет. Но если есть локальный рут, то малварь и так может делать всё, что захочет. В случае secure boot будет, конечно, ограничен доступ к системным интерфейсам из юзерспейса (msr регистры, порты ввода-вывода и т.п.), т.к. linux-ядро при включенном секурбуте автоматически активирует lockdown, но это всё уже неважно, т.к. самое ценное в системе - это всё равно пользовательские данные и вычислительные ресурсы, а с рутом доступ до всего этого есть. Ну и, если ключи для подписи хранить локально (а не на HSM), то тогда, разумеется, зловред и lockdown обойдет, загрузив свой подписанный модуль ядра.

Но, вообще, основной вектор атаки, от которого должен защищать SB - это evil maid, т.е. от атакующего с локальным доступом к системе. Если система взломана удаленно (да еще и с получением рута), то к процессу загрузки это имеет уже слабое отношение, а значит и обеспечение безопасности загрузки никак не поможет.