>JIT, в принципе, делает то же самое, что и С-компилятор, только не один раз при создании программы, а каждый раз при ее работе.

А вот и нет. Каждый раз не требуется, если конечно код не меняется, а вот время компиляции инструкций в байт-код значительно меньше.

>И это не костыль?

Костыль подразумевает под собой "лишний программный код" и всякое отсутвие плюсов, по сравнению с реализацией без костыля, а плюсы JIT таковы:
- кроссплатформенность,
- значительная скорость разработки,
- легкость изменения кода без накладных расходов.

Что это дает:
- возможность использования в энтерпрайз-системах, как бы пафосно это не звучало, но при гетерогенности примененных решений и платформ, например сборной солянки из операционных систем и серверов и корпоративных информационных систем (КИС), что как правило используется на больших предприятиях, вы можете это все довольно легко связать, без особых проблем, и с наименьшими затратами, и все это может обслуживаться одним легко доступным на рынке типом специалиста --- как итог значительный профит.