> Тем, что он соответсвует POSIX стандарту коммандной строки.

Я бы не сказал, что для фаервола это достоинство.
Вот ты бы очень обрадовался, если бы твою речь ограничили синтаксисом POSIX commandline?

> Кстати, как там о добавлении правил из коммандной строки?

Сходи по ссылке, например. А то не прочитал нифига, а осуждать уже лезешь.

> Порой бывает очень нужно, не перегружать же все 100500 из-за одного правила.

В силу структуры iptables, невозможно добавить/удалить одно правило, не поменяв весь набор.
Правила хранятся в ядре в виде блоба, который формируется утилитами в userspace. При изменении одного правила, его нужно генерировать с нуля.
Именно поэтому разработчики iptables рекомендуют вместо скриптов с кучей команд iptables использовать iptables-restore (см. Jan Engelhardt, Towards to the perfect ruleset).