Это не принципиальное отличие в целях, а слегка смещённые приоритеты:https://www.funtoo.org/FAQ:What_Is_The_Focus_Of_Funtoo
> Funtoo focuses on providing a fairly up-to-date (but not bleeding edge) meta-distribution. On the server side, we focus on production server deployments, and this is why we use debian-sources-lts as a default kernel -- because we trust it in production. On the desktop side of things, we focus on making Funtoo an ideal professional creator workstation, focusing on media creation, productivity as well as scientific work.
> без конца пересобирать из наисвежайших исходников самых наираспоследних версий
В генте это невозможно или крайне сложно. Для этого тебе придётся глобально врубить ACCEPT_KEYWORDS=~amd64, или даже ACCEPT_KEYWORDS=*, и после этого у тебя гента прекратит собираться. Такой ход явно описан в хендбуке как нежелательный и даже глупый, потому что заведомо провальный. Если очень надо что-то распоследнее поставить, то можно проставить кейворд для пакета и может для каких-то депендансов. И это даже приветствуется, потому что тестирование системы. Если же ты поставишь всё что если в портажах распоследнего, то система прекратит работать.
В фанту, как я понимаю из описания и ихнего FAQ, то же самое. То есть, если сравнить с дебианом, то фраза "из наисвежайших исходников самых наираспоследних версий" может быть уместна как гипербола, потому что софт будет свежее, чем в дебиане, но с точки зрения педанта эта фраза очень далека от реальности, потому что дебиан позволяет себе очень далеко оставать от наираспоследних версий, и между дебианом и "наираспоследними версиями" есть широкий диапазон разных степеней свежести. И фокус генты точно так же в том, чтобы предоставить fairly up-to-date (but not bleeding edge) meta-distribution. Делать из генты окровавленное лезвие тебе придётся самому, и кровь на нём будет твоей.
Отличие фанту в том, что она позволяет собрать более стабильный сервер, предлагая дебиановское lts ядро. И я хз, если честно, позволит ли это реже пересобирать ядро: бекпортирование патчей в lts будет требовать пересборки.