Ты путаешь системный пакетный менагер и пакетный менагер для девелопера. Это разные вещи, которые предназначены для решения разных задач. Мне как девелоперу нафиг не сдались системные библиотеки из debian'а, они протухли уже сейчас, а когда я допишу свой код, они даже пахнуть уже не будут, окаменеют. В то же время мне, как админу локалхоста, нафиг не сдался девелоперский пакетный менагер в качестве системного по причинам, которые собственно ты и озвучиваешь. И мне необходимо разделять их, потому что как девелоперу мне может требоваться несколько разных версий одной и той же библиотеки, иногда просто чтобы посмотреть скомпилируется ли. Иногда я гоняю тесты для нескольких версий депендансов. Вручную это делать убьёшься. Системные пакетные менагеры тут ничем помочь не могут, скорее под ногами путаются и мешают: вручную будет проще и быстрее, особенно если подпереть костыликами на bash. Собственно все эти pip/cargo и иже с ними именно эти задачи и решают: быстро накатить нужную версию, хочешь совсем-совсем новую, хочешь древнючую и устаревшую, на которую заточен тот код, который я где-то наковырял, и который не получал обновлений последние десять лет, чтобы я сначала мог бы его запустить, посмотреть как он работает, решить нужен ли он мне или нет, и только после этого заниматься (или не заниматься) апдейтом кода под актуальные версии библиотек.

Системный пакетный менагер и девелоперский -- это разные вещи. Веб-девелоперы же, так же как и ты, путают одно с другим, не отделяя разработку софта от деплоймента. И поэтому они получают то, что получают. У них и ещё более интересные баги бывают, типа нечаянно сделал drop table в продакшне, хотя всего лишь хотел пересоздать тестовую базу данных. Но на то они и веб-девелоперы.