Большинство руководств в сети показывают как добавить APL в качестве второй
раскладки, например в дополнение к US. Мне это не подходит, потому что у меня
уже две раскладки (US, RU), а добавление третьей сделает переключения неудобными.

Для организации ввода символов APL без добавления ещё одной раскладки
следует добавить опцию "misc:apl", каковы бы ни были текущие настройки
клавиатуры X11.

Результат:

    # setxkbmap -print
    xkb_keymap {
      xkb_keycodes  { include "evdev+aliases(qwerty)"	};
      xkb_types     { include "complete"	};
      xkb_compat    { include "complete+ledscroll(group_lock)"	};
      xkb_symbols   { include "pc+us+ru:2+inet(evdev)+group(rctrl_toggle)+ctrl(nocaps)+compose(lwin)+apl(level3):1+apl(level3):2"	};
      xkb_geometry  { include "pc(pc104)"	};
    };

Можно добавить опцию "lv3:caps_switch" для переключения в режим APL с помощью
нажатия и удержания CapsLock, а также нажатия и удержания CapsLock+Shift  для
ввода других символов APL. В этом случае нажатие и удержание CapsLock или
CapsLock+Shift позволяет вводить символы APL независимо от текущей раскладки.

В Xfce изменение можно выполнить в редакторе настроек (типа реестра).