Шифрование в матриксе в экспериментальном виде, об этом даже в риоте пишется.
Главная фича актуальных месседжеров как мне кажется это видеозвонки и полноценные и удобные клиенты на андройде. По той простой причине, что остальное в соло за неделю пишется, на видео в реалтайме либо уйдёт куча времени, либо вебртс(что не торт и грозит своими проблемами).  Главный недостаток конечно же андройд, потому что лично мне противно лезть(а тем более поддерживать) в эту "экосистему имени гугл", даже при всей необходимости адекватного месседжера.
И с обоими у матрикса проблемы.
Видео часто непролазает(не знаю до сервера ли или до собеседника) и даунгрейдится до низшего битрейта.
При звонке через матрикс как минимум на моём андройд девайсе через некоторое время пропадает звук у собеседника. Сами звонки соединяются довольно долго - секунд 20-30. Кроме того он при уведомлении о сообщении либо привязывается к гугл сервисам, либо постоянно мониторит на фоне (но это де факто не работает, не только у меня, те даже уведомление о входящем сообщении без гугла не увидишь). Возможно часть этих проблем это проблема выбранного сервера (битрейт видео), остальная часть проблема клиентской программы, а сам протокол мб и хорош(не знаю, хотя он в текстовом виде, что конечно скажется как минимум на трафике). Но клиент на андройде всего один - риот. Неудобный, глючный, проблемный, неочевидный для пользователя. Что нивелирует все преимущества перед той же иркой или мамблом.
Возможно в будущем все это допилят, особенно если кде возьмёт под крыло. Но пока киллер фичи де факто не работают, а без них не отличается от конкурентов, даже менее удобен и распространен. Также вызывает опасения, что каноничная реализация на электроне. Возможно все эти киллер фичи просто идут из коробки (видео по вебртс, клиент из !@#$$%& и палок), но тк сам электрон кусок !@#$$%% то соответствующе не работают и не заработают в дальнейшем в других клиентах без запихивания половины хрома.