> Каких ещё блокировок?

Мы скоро обсуждать будем ассемблерные вставки? Кто это пишет дифы? Никто никаких дифов в набор данных не пишет (да и в логи пишутся отнють не дифы, а новые значение полей): либо переписывает измененный набор данных/релоцирует его и пишет заново, помечая старые данные как свободное место (MySQL), либо пишет весь блок отдельно и отмечает это в метазаписях как ожидающий вакуума (PG).
VACUUM блокирует часть данных при релокации. MySQL-у Optimize Table нужен как таковой, только при использовании запросов вне индекса (при сканировании), PG требует этого "для обслуживания".

> какие-то изменения просто хранит в виде инструкций в журнале изменений

Хранить инструкции в журнале? Что за бред, такое было когда-то в InnoDB, но уже давно всплыло, а если журнал будет повреждён? Конец атомарности, разрушены внешние ссылки и вообще ахтунг и ручное восстановление.

> Какой способ лучше?

Для пользователей и разработчик-прикладников, лучше именно гибридный способ с повторным использованием освободившегося места (и фрагментацией как проблемой), потому что это даёт серьезный прирост к скорости (путем нагрузки на CPU и контроллер, но не на IO), нежели полное копирование всех данных при обновлении.
Если брать разработчиков этих СУБД, то второй способ хорош тем, что его можно очень качественно отладить и оптимизировать, тем самым заняв нишу систем с низкой степенью отказа.