> например, попытки (правильно) сделать GUI-конфигуратор?

(На всякий случай) С болью вспоминающим о regedit.exe¹ даю другую задачку. Автоматическая правка конфигов, например. Т.е. sed(1)/awk(1) уже _принципиально_ не способны обработать такое, только если частный случай когда повезет и нужное место будет.

В итоге, когда программа (скажем, расширяющая возможности) хотела бы и могла бы сама добавить себя в конфиг может его угробить. Вот и вся разница.

____
1) Offtopic: А что плохого в реестре? Только не в вендовой дряни, а в общем смысле — некой единой системе хранения (хорошо продуманной, разумеется) конфигурационных данных. Которая покрывает запросы добрых 90% программ (а GNU Emacs хранит конфиг как ему надо, потому что там это обосновано). Даже аналог procfs (etcfs) покроет требования доброй половины конфиговых запросов, и это с учетом того что в VFS Linux файл не может, увы, быть одновременно и директорией.