Не поймите меня превратно, я сам люблю и активно использую шелл(более того, для небольших проектов предпочту именно его). Но при всех его плюсах (прост и универсален как топор, достаточно гибкий синтаксис, есть везде, итп) есть минусы, которые при больших объемах кода до добра не доведут. Ни модульности, ни пространства имён, никакой завалящей типизации. Плюс отсутствие "библиотек" (даже стандартной). Каждый раз приходится писать свои велосипеды, которые ещё и обязательно таскать за собой.

perl - как вариант, особенно с учётом того, что конфиги вещь текстовая. Но можно и что-то другое. Например lua (мжет даже в эмбедднутом виде) или guile(хотя он потяжельше)