FTP - очень плохая идея по многим причинам. rsh+Kerberos или даже ssh или даже просто rsh сильно лучше.

Формально вопрос решается с помощью Perl Net::FTP

use Net::FTP;
my $remote_filename='remote_file';
my $ftp = Net::FTP->new('server.address', Debug => 0);
$ftp->login("first_server_username","first_server_password");
$ftp->put(\*STDIN,$remote_filename) || die "Upload from STDIN to $remote_filename failed\n";