1. Все современные браузеры могу посещать страницы по ftp и генерируют тебе «документ» прямо с твоей стороны. Из сети они «документ» не загружают.
2. Когда вы открываете прямую ссылку на картинку или видео, то там не указано, что это документ или часть документа. Браузер создаёт для неё «обёртку» на лету.
Т.е. ваш «документ» это не более чем описание интерфейса веб-приложения и оно может быть сгенерировано автоматически для загружаемой информации. Иногда это всё, что у такого приложения есть.
3. При открытии некоторых файлов (обычно текстовых) загружается сам файл без обёртки вовсе.

Теперь же о системных функциях. А где пролегает эта граница, простите? XMLHTTPRequest уже за гранью? А WebSockets? А с какой стати вы считаете, что документ не может при помощи скриптов находить аналогичные в сети и обмениваться с ними данными если это необходимо «для работы с данными связанными с документом»? Может на чаты посмотрите, например? Они ведь не перезагружаются каждый раз при добавлении нового сообщения кем-то из участников и обмениваются данными с сервером. В чём проблема, если «документ» будет обмениваться данными с другим? Или «документу» нельзя было давать доступ к веб-камере и микрофону? Может тогда и текст вводить запретите? Это ведь всё средства ввода информации и с какой стати ограничение должно пролегать на клавиатуре и мышке?

Английская вики даёт конкретный ответ по веб-приложениям. Веб-приложение это любое ПО, работающее в браузере. Да, без браузера оно не существует и браузер является для такого ПО операционной системой. Современный браузер это новая ОС. Смиритесь с этим.

Кстати, в Firefox вообще сложно сказать где конкретно заканчивается браузер и начинается веб-приложение так-как вся его морда это веб-приложение. Единственное отличие в том, что для разметки интерфейса используется другая разновидность XML вместо HTML, а так там даже DOCTYPE есть. Всё это время вас это устраивало, но тут из готовых блоков собрали видеоконференцию и всё, конец света наступил.