> используется autoconf-2.13 (1999 года выпуска!)

А зачем ломать то, что хорошо работает? >_<t

> Что мешает сделать все, кроме движка, плагинами?

То, что этим сможет пользоваться полтора землекопа. Смотрим на Miranda и Foobar с ихним рассадником никому не нужных сборок 99,9% которых никто не поддерживает либо уже, либо изначально. Обновляй сам, исправляй косяки после обновлений сам… счастья-то… Отгрузите мне пару столетий времен на такое счастье. Не, ладно, плеер-то можно и не обновлять — он и так не дурно работал, но браузер-то нужно.

> И да, штатная качалка файлов тоже должна быть плагином, дабы
> все кому она не нравится могли без проблем заменить ее другой,
> без дублирования функционала и захламления памяти.

А толку, если это практически никому не надо? На мелкие файлы её более чем достаточно, а на крупное есть торренты. Да и вероятность того, что какой-нибудь криворукий экспериментатор удалит у себя качалку не установив себе сначала что-то вместо неё отсутствует. А то ведь придётся ж через wget или ишаком, в зависимости от системы экспериментатора.

> Инструменты разработки могут быть частью движка + frontend к ним, но зачем
> их включать в стандартной сборке, где 99.9% ими пользоваться не будут?

Потому, что они и не мешают. Зато когда нужны, то всегда и везде под рукой. Я, например, когда мне присылают сайт на разобраться для адблока (да-да, я тот самый странный человек, который занимается списком RU Adlist для ABP) порой прошу сделать скрин инспектора в том или ином месте и это чертовски удобно, что с другой стороны тоже есть инспектор и его не нужно никому ставить. Клац-клац, скрин готов. Эти инструменты оказываются нужны в самый неожиданный момент и то, что не нужно идти искать да ставить их это просто подарок какой-то.

> Почему бы тогда не встроить apache/php/etc для полного цикла веб разработки,

Может потому, что инструменты для отладки сайта подходят для любого сайта, а апачь с пыхом только для сайтов под апачь с пыхом?