трей - прямое следствие заведомо неудачной концепции сворачиваемых перекрывающих друг друга окон. Ставь i3, выделяй под "долгоиграющие" гуйные приложения отдельные воркспейсы, и в таком костыле*, как трей, нужды не будет.

* костыльность и сама концепция трея видна невооруженным глазом тем, кто хоть как-то соприкоснулся с ним на уровне X11, где они реализованы чрезвычайно неудачным механизмом X11 Selections; отрисовать свой собственный менеджер трея - то еще приключение, необходимо снаряжать целую экспедицию с исключениями для "известных приложений" и создавать костыльные невидимые окна по координатам -1,-1, чтобы удовлетворить протокол, а сама работа с треем сводится к комментированию кода наугад, потому что никто толком и не знает, как же все-таки с ним работать. Ссылки прикрепляю:

- https://github.com/i3/i3/blob/aca7790217f6bac58e4588a5b80fcd...
- https://github.com/xfce-mirror/xfce4-panel/blob/96b8a42da213...
- https://github.com/GNOME/gnome-shell/blob/9acdb8012cdfb99479...