> Факт в том, что флатпак использует ostree с дедупликацией файлов. В рантаймах
> много одинаковых файлов, особенно в разных версиях одного рантайма. То есть,
> больше всего дискового пространства используется при установке первых бандлов и рантаймов.
> У многих по этому складывается впечатление.
> Так например, активно использую флатпак. При установке очередного рантайма org.gnome.Platform//3.30
> загрузилось чуть более 70 МБ файлов, а на диске размер рантайма
> по flatpak info -s показывается как 1.6 ГБ.

А я по df -h, до установки было 4,3 GiB, стало 5,3 GiB, установил всего два пакета и так раздуто, дедупликация маловата. На 1 GiB, когда на 3-4 GiB уже весь LiveDVD можно установить на hdd.
Нормальные пакеты - вот дедупликация, а flatpak стороннее ПО и проприетарщину заворачивать, но никак дистрибутив строить. Во flatpak вам и сам автор софта завернёт, и на *hub выложет, а что там внутри, только эвристический анализ покажет, и без разницы есть исходник flatpak'a или нет, вы ж не будете бинарную идентичность софта после компиляции проверять. flatpak и остальное "независимо" работающее, враг мейнтейнеров и безопасности системы, отсутствие потенциальной угрозы лучше, чем бэкдор или не заштопанная уязвимость в рантайме.