>> Какие из известных пакетных менеджеров обеспечивают указанное?
> Вот два примера совсем навскидку:
> http://wiki.debian.org/ReproducibleBuilds -- dpkg/apt
> http://altlinux.org/reproducible -- rpm/apt

Это про "повторяемые сборки".

По первой части, а именно "учёт зависимостей". Например, хочу убрать из системы поддержку Wayland. Что надо сделать для этого в RPM? Переписать все spec, убрав оттуда ключи --with-wayland (или как-то так). Правильно? Или в Альте это как-то разруливается системой сборки/условиями в спецификациях? (то, что такой сценарий большинству пользователей не нужен, а потому можно его не предусматривать, это другой вопрос).

USE=-wayland emerge @world перестроит граф зависимостей пакетов (и какие-то могут стать ненужными, или наоборот добавятся) + задаст нужные ключи при сборке (или выберет соответствующие бинарные пакеты).

Полагаю, именно аналогичное поведение имеется ввиду в данном случае применительно к Guix.