Он мне нужен для безопасности и маршрутизации.
Сомневаюсь что подобное можно реализовать в настройках виртуального хоста.

RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{THE_REQUEST} \s/index\.php
RewriteRule ^index\.php/?$ /en/error
RedirectMatch 403 .*\/\..*
ErrorDocument 403 /en/error
ErrorDocument 404 /en/error
RewriteRule ^([a-z]{2})/?$ index.php?lang=$1 [END]
RewriteCond %{QUERY_STRING} ^token=([\w-]{20})&PayerID=([\w-]{13})$
RewriteRule ^([a-z]{2})/(payment)/?$ index.php?lang=$1&view=$2&token=%1&PayerID=%2 [END]
RewriteRule ^([a-z]{2})/([\w-']+)/?$ index.php?lang=$1&view=$2 [END]
RewriteRule ^([a-z]{2})/([\w-']+)/([\d-]+)\.html/?$ index.php?lang=$1&view=$2&id=$3 [END]
RewriteRule ^([a-z]{2})/([\w-']+)/([\w-']+)/([\d-]+)\.html/?$ index.php?lang=$1&view=$2&tab=$3&id=$4 [END]

Да и, как минимум, nginx точно .htaccess читает, синтаксис другой, но главное читает.
По поводу системных запросов я их не считал, но снижение производительности за счёт этого всё равно ничтожно мала на фоне всего остального.