> Я не разбирался в предыстории, надо лопатить весь ЖЖ, но я так и не понял, какие официальные
> инструменты он задействовал, чтобы сына не травили, куда он обратился.

дык - в школу. Куда еще-то? А школка решила всеми способами прикрыть неудобные вещи, в ней происходящие, а не разбираться с ними. В конце-концов заигралась, теперь всячески прячется от вызова на допросы.

> Далее все пришло к борьбе с системой, чтению экстремальной литературы, чтобы сын вырос личностью,

Ну, у него, по результату, неплохо так получилось.

Учитывая, в какой приятной среде ему придется жить дальше - умение противостоять давлению и добиваться своего весьма пригодится.

А ты бы хотел, чтобы твой сын стал плотником? Причем не по собственному выбору (на гробы всегда  спрос, и, кажется, есть тренд к хорошему росту, неплохая профессия), а потому что умненькие-заботливые учителя решили что он им должен стать, а учиться ему незачем особо, расписаться в ведомости может, достаточно?

> Вспомни в своём классе какого-нибудь отьявленного негодяя, если были

А не было. Кого-то может не особо любили, но это были личные терки. И уж тем более не наезжали на тех, кто был поумнее прочих - скорее уважали. Класс противостоял школе (ага, у нас были поводы) или пытался установить границы (включая коллективные беседы в кабинете директора) - это да.