Если я правильно понимаю, к твоему компу подключается только 1 разъём, и это просто стерео. На каждый разъём приходится 2 канала! Т.е. в случае 1 разёма - левый и правый. И всё.  Усилитель, который внутри сабвуфера сам формирует себе выходной сигнал из этого стерео. Т.е. это аудиосистема 2.1, но подключение 2.0. Можешь попробовать вытянуть низкие частоты эквалайзером (установи pulseaudio-equalizer).