тем что библиотеками управляет npm.
Не анонимный комментатор opennet лезет в git непозиторий или неизвестно какую помойку чтобы скачать исходный код чтобы сохранить их себе на флешку с проектом, чтобы через неделю забыть какие библиотеки накачал, какой версии эти библиотеки и откуда они взялись, не говоря о другом разработчике который эту помойку первый раз видит.

npm командой install уставливает те библиотеки которые указаны в package-lock.json. Каждый раз когда новый разработчик или CI вызывает npm install они получают те же самые библиотеки с которыми разрабатывался проект.
Когда разработчик вызывает npm update, менеджер пакетов обновляет библиотеки указанные в package.json на допустимую для обновления версию. Так как версии библиотек задаются на по semver то можно то можно зарание сделать выводы о совместимости с новой версией.
npm outdated покажет какие библиотеки и версии используются, какие доступны для обновления и последнюю версию.
npm audit покажет уязвимости

>И чем это тогда отличается от встраивания библиотек?

всем