Речь не про relocatable. Смотри у приложения может быть куча зависимостей от версий библиотек, которые разработчик не знает и насколько корректно будут взаимодействовать на конечной системе тоже.
Со стороны разработчика нету возможности влиять на этот момент за исключением статической линковки, которая при прочих минусах и не всегда доступна. Flatpak по сути и позволяет работать с нужными версиями нужных библиотек в независимости какие версии пакетов установленны в системе, гарантируя при этом работоспособность везде.
При этом в отличии от статической линковки, данный способ доступен всегда, все зависимости реюзабельны (использует меньше места по сравнению с статической линковкой) + стараются изолировать приложение.
Все эти особенности идеально походят для ленивых проприетарщиков, которые не особо хотят делать кучу версий пакетов под разные дистрибутивы, как и тестировать работу на куче дистрибутивов. Про конечного пользователя тоже стараются не забывать и он теоретически может изолированно запускать приложения, которым не сильно доверяет(изоляция на данный момент больше условная, т.к. многие разработчике создавая эти пакеты просто дают максимальные права приложению ).
Для ранее упоминаемых Firefox и Thunderbird, необходимости в flatpak не вижу - майнтейнеры всех дистрибутивов сами соберут нативные пакеты и регулярно тестируют с тем окружением в котором будет запускаться. Исключением может быть ситуация когда мы хотим запускать в изолируемом окружении, но и тут есть варианты получше и понадежнее.